Das Finanzgericht Mecklenburg-Vorpommern ist zuständig für alle Streitigkeiten gegen die Finanzbehörden des Landes Mecklenburg-Vorpommern sowie die im Land Mecklenburg-Vorpommern tätig werdenden Familienkassen.

Für die im Land Mecklenburg-Vorpommern tätig werdenden Bundesfinanzbehörden (insb. Zollämter) ist das Finanzgericht Mecklenburg- Vorpommern nur zuständig, soweit es sich nicht um eine Zollsache im Sinne von Art. 1 Abs. 2 des Staatsvertrages zwischen der Freien und Hansestadt Hamburg und den Ländern Niedersachsen, Schleswig-Holstein und Mecklenburg-Vorpommern über die Errichtung eines gemeinsamen Senats des Finanzgerichts Hamburg (GVOBl. M-V 2025, S. 198) handelt. Für diese Zollsachen ist der gemeinsame Senat bei dem Finanzgericht Hamburg zuständig.

Nicht zu den Zollsachen gehören insbesondere Streitigkeiten in Kraftfahrzeugsteuersachen sowie in Angelegenheit der Vollziehung durch den Zoll i.S.v. § 33 Abs. 1 Nr. 2 FGO. Hierfür ist das Finanzgericht Mecklenburg-Vorpommern zuständig.